Все прошивки MIUI 8 необходимо устанавливать через TWRP Recovery!
При переходе с MIUI 7 желателен (но не обязателен) полный WIPE.
Также советуем обратить внимание на
обзор обновления, половина вопросов у вас сразу отпадет.
В случае, если на рабочем столе пропал SuperSU, просто установите приложение из Google Play или же прошейте архив SUPERSU.ZIP через TWRP Recovery.